Il y a bien longtemps, trop longtemps pour qu'un simple humain s'en souvienne, la Terre se fit envahir par les démons. Un homme invoqua l'Ange Raziel sur Terre grâce à un sorcier. Après avoir entendu le souhait de l'homme, Raziel jugea que sa demande était sincère et noble. Il sortit du lac de Lynn et lui offrit alors les Instruments Mortels. De ce fait, il mélangea son sang et celui de l'homme dans la Coupe Mortelle et déclara qu'il devait faire boire ce liquide à des humains afin de créer une race capable de protéger les Hommes, les futurs Shadowhunters. Devenu les premiers Nephilim, ils russisèrent à protéger les humains. On les appel souvent "Enfants de Raziel" car dans leur veines coulent le sang de l'Ange.

Depuis plusieurs siècles, les Shadowhunter veille sur les humains dans l'ombre. Mais leur vie est bouleversé par l'arrivé de Clarissa "Clary" Fairchild, la fille d'un ancien Shadowhunter tombé en disgrâce. À la recherche de sa mère, elle apprend par la suite qu’elle est une enfant de Raziel. Après de nombreuses aventures, le vrai frère de Clary, Jonathan Morgeinstein, revient à la vie grâce à Lilith, la Reine des Enfers. Cette dernière voit Jonathan comme son fils puisqu'il a son sang dans les veines. Mais la confrontation avec la Reine n'a pas épargner Clary ... En effet, a cause de la marque de Cain sur le front de Simon, le bâtiment entier à été pulvérisé. Mais elle à été sauvé in-extrémiste par Jonathan grâce à un système de téléportation.

Les Shadowhunters arriverons-t-il à retrouver Clary ? Que signifie le retour de Jonathan ? Car ce que l'Enclave ne sait pas, c'est que le Cercle s'est relevé mais ils ne poursuivent pas le même but qu'avant ... En effet, une jeune femme qui fut proche de Lilith à remonter le Cercle et recherche activement Jonathan. Pourquoi ? Personne ne sait ...